宛先フォルダごとにアクセスできるユーザーを設定することはできますか?

DocWays自体にはアクセスを制限する機能はありませんので、Windowsのセキュリティ機能を
使用して、宛先フォルダにアクセスできるユーザーを制限してください。
設定については、ネットワーク管理者にお尋ねください。