できます。ただし、アプリケーションモードで既にDocWaysを起動している場合は、DocWaysを起動しているセッションに接続し、起動済みのDocWaysを操作してください。
サービスモードで起動している場合は、コンソールセッションに接続してDocWaysの操作を行ってください。

リモートデスクトップ接続でクライアントのローカルプリンタをリダイレクトする場合、接続したリモートコンピュータ上の通常使うプリンタが、リダイレクトしたプリンタに切り替わってしまうことがあります。
通常使うプリンタが切り替わることによって、DocWaysから本来出力するはずのプリンタとは別のプリンタから出力されてしまう恐れがあるため、リモートデスクトップ接続時には、リモートコンピュータ上の通常使うプリンタが切り替わらないようWindows上で設定を行ってください。