変換前のソースファイルの形式が正しくないと思われます。FX-SMSTはPCのWindows上で動作しますが、ソースファイルは、ホストコンピュータ上の形式をそのまま扱います。
FTPやエミュレータでのホストからのダウンロードでファイル形式を変換していませんか？
詳しくはユーザーズ・ガイドのオーバーレイ･ソースの読み込みの記述を参照してください。