意味不明なエラーがたくさん出てきて変換できません。どうしてですか?

変換前のソースファイルの形式が正しくないと思われます。FX-SMSTはPCのWindows(R) 上で動作しますが、ソースファイルは、ホストコンピュータ上の形式をそのまま扱います。
FTPやエミュレータでのホストからのダウンロードでファイル形式を変換していませんか?
詳しくはユーザーズ・ガイドのオーバーレイ・ソースの読み込みの記述を参照してください。